Sejarah Kodam Iskandar Muda tidak dapat dipisahkan dari perjuangan rakyat Aceh setelah Proklamasi Kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945. Ketika Republik Indonesia mulai membangun institusi pertahanan, berbagai kelompok pemuda dan badan perjuangan di Aceh mengambil bagian dalam upaya mempertahankan kemerdekaan. Salah satu tokoh yang berperan menghimpun kekuatan pemuda ketika itu adalah Teuku Nyak Arief, Residen Aceh, yang mendorong pembentukan Angkatan Pemuda Indonesia atau API.

Setelah pemerintah membentuk Tentara Keamanan Rakyat pada 5 Oktober 1945, kekuatan API bergabung ke dalam organisasi militer tersebut. Di Aceh, pasukan yang terbentuk menjadi bagian dari Divisi V TKR Komandemen Sumatera di bawah pimpinan Kolonel Syamaun Gaharu. Organisasi ini kemudian mengalami perubahan mengikuti perkembangan struktur tentara nasional, termasuk perubahan TKR menjadi Tentara Republik Indonesia.

Pada 17 Februari 1946, Divisi V TKR berubah menjadi Divisi V TRI. Dalam perkembangan berikutnya, lambang Gajah Putih digunakan sebagai identitas institusi militer di Aceh. Simbol tersebut kemudian dikenal dalam tradisi dan identitas satuan militer yang berkembang menjadi Kodam Iskandar Muda.

Pada masa perang mempertahankan kemerdekaan, Aceh mempunyai posisi penting dalam perjuangan Republik. Ketika Belanda melancarkan Agresi Militer II pada Desember 1948 dan sejumlah pemimpin nasional ditawan, pemerintahan militer dibentuk untuk menjaga keberlangsungan pemerintahan Republik di berbagai wilayah. Teungku Muhammad Daud Beureueh ditunjuk sebagai Gubernur Militer untuk wilayah Aceh, Langkat, dan Tanah Karo. Pemerintahan militer tersebut berlangsung hingga pengakuan kedaulatan Indonesia pada akhir 1949.

Setelah pengakuan kedaulatan, penataan organisasi militer di Aceh terus berlanjut. Perubahan struktur administrasi pemerintahan dan reorganisasi tentara turut memengaruhi kedudukan satuan militer di wilayah tersebut. Aceh sempat mengalami perubahan status administratif dari provinsi menjadi keresidenan di bawah Provinsi Sumatera Utara. Perubahan itu berlangsung bersamaan dengan penataan dan perampingan organisasi militer, yang kemudian memunculkan persoalan mengenai kedudukan komando di Aceh.

Pada 1953, muncul pemberontakan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia di Aceh yang dipimpin Teungku Muhammad Daud Beureueh. Situasi politik dan keamanan yang berkembang menjadi salah satu latar penting bagi pembentukan komando militer tersendiri di wilayah tersebut. Pada Desember 1956, ketika terjadi pergolakan dalam struktur komando militer di Sumatra, Kepala Staf Angkatan Darat menetapkan pembentukan Komando Daerah Militer Aceh atau KDMA.

Keputusan pembentukan KDMA tercatat melalui Surat Keputusan Kasad Nomor KPTS 358/XII/1956. Tanggal 22 Desember 1956 kemudian diperingati sebagai hari lahir Kodam Iskandar Muda. Pada tahap awal ini, KDMA merupakan organisasi pendahulu yang menjadi landasan bagi pembentukan Kodam dengan nama Iskandar Muda.

Perubahan menjadi Kodam berlangsung melalui reorganisasi TNI Angkatan Darat pada akhir 1950-an. Sejarah resmi Kodam Iskandar Muda mencatat bahwa Penetapan Kasad Nomor TAP 05 tanggal 5 Agustus 1958 mengubah KDMA menjadi Kodam I/Iskandar Muda. Dengan penataan tersebut, organisasi militer di Aceh berkembang menjadi komando daerah militer yang membawahi satuan kewilayahan dan satuan pelaksana.

Dalam struktur awalnya, Kodam I/Iskandar Muda memiliki dua Komando Resor Militer, tiga batalyon, sembilan Komando Distrik Militer, serta 131 Komando Rayon Militer. Susunan ini memperlihatkan upaya membangun jaringan komando yang menjangkau wilayah Aceh melalui struktur teritorial dan satuan pelaksana.

Nama Iskandar Muda dipilih untuk menghormati Sultan Iskandar Muda, tokoh penting dalam sejarah Kesultanan Aceh. Masa pemerintahannya pada awal abad ke-17 sering dikaitkan dengan perkembangan kekuatan politik, perdagangan, dan pengaruh Aceh di kawasan Selat Malaka. Penggunaan namanya sebagai identitas Kodam menghubungkan organisasi militer tersebut dengan figur sejarah yang memiliki tempat penting dalam ingatan kolektif masyarakat Aceh.

Pembubaran pada 1985 dan Pengaktifan Kembali pada 2002

Kodam I/Iskandar Muda menjalankan tugasnya selama hampir tiga dekade sebelum mengalami perubahan besar akibat reorganisasi TNI Angkatan Darat. Pada 1984–1985, pemerintah dan pimpinan TNI AD melakukan penataan organisasi untuk mengurangi jumlah komando daerah militer. Kebijakan tersebut berdampak pada sejumlah Kodam, termasuk Kodam I/Iskandar Muda.

Melalui reorganisasi tersebut, Kodam I/Iskandar Muda dilikuidasi dan wilayah Aceh digabungkan ke dalam Kodam I/Bukit Barisan. Penggabungan itu juga mencakup Kodam II/Bukit Barisan dan Kodam III/17 Agustus dalam struktur baru yang wilayah tanggung jawabnya meliputi sejumlah provinsi di Sumatra. Upacara likuidasi Kodam I/Iskandar Muda berlangsung di Blang Padang, Banda Aceh, pada 26 April 1985.

Penghapusan Kodam tersendiri tidak menghilangkan keberadaan satuan-satuan TNI AD di Aceh. Korem 011/Lilawangsa dan Korem 012/Teuku Umar tetap menjadi bagian dari struktur kewilayahan yang menangani wilayah Aceh, tetapi berada di bawah komando Kodam I/Bukit Barisan. Perubahan ini merupakan bagian dari kebijakan organisasi TNI AD pada masa itu, bukan pembubaran seluruh satuan militer di Aceh.

Setelah Reformasi 1998, tuntutan untuk mengaktifkan kembali Kodam di Aceh mengemuka di tengah perubahan politik dan dinamika keamanan daerah. Sejumlah tokoh masyarakat serta pejabat pemerintahan menyampaikan aspirasi agar Aceh kembali memiliki komando daerah militer sendiri. Permintaan tersebut menjadi bagian dari pembahasan mengenai penataan organisasi pertahanan di wilayah Aceh.

Pemerintah kemudian menyetujui pengaktifan kembali Kodam Iskandar Muda. Pada 5 Februari 2002, Kepala Staf Angkatan Darat Jenderal TNI Endriartono Sutarto meresmikan kembali Kodam Iskandar Muda. Brigadir Jenderal TNI M. Djali Yusuf dilantik sebagai Pangdam pertama setelah pengaktifan kembali tersebut. Peristiwa ini menjadi tonggak penting dalam perjalanan organisasi setelah sekitar 17 tahun Aceh berada di bawah komando Kodam I/Bukit Barisan.

Dalam susunan awal setelah diaktifkan kembali, Kodam Iskandar Muda membawahi Korem 011/Lilawangsa dan Korem 012/Teuku Umar. Organisasi ini kemudian melanjutkan fungsi komando kewilayahan, pembinaan satuan, serta tugas pertahanan di Provinsi Aceh. Perkembangan struktur dan kepemimpinannya mengikuti kebijakan organisasi TNI AD dan kebutuhan tugas di wilayah tersebut.

Sejarah Kodam Iskandar Muda juga berhubungan dengan periode konflik Aceh dan perubahan menuju perdamaian. Pada masa konflik antara pemerintah Indonesia dan Gerakan Aceh Merdeka, wilayah Aceh mengalami situasi keamanan yang kompleks. Pemerintah memberlakukan status darurat militer pada 2003, kemudian mengubahnya menjadi darurat sipil pada Mei 2004. Peristiwa-peristiwa tersebut merupakan bagian dari konteks sejarah daerah yang harus dipahami secara terpisah dari kronologi pembentukan organisasi Kodam.

Perkembangan berikutnya berlangsung dalam suasana baru setelah kesepakatan damai antara Pemerintah Indonesia dan Gerakan Aceh Merdeka ditandatangani di Helsinki pada 15 Agustus 2005. Dalam situasi pascaperdamaian, Kodam Iskandar Muda tetap menjalankan fungsi pertahanan wilayah dan pembinaan teritorial sesuai tugas TNI AD. Kegiatan pembinaan masyarakat, dukungan terhadap pembangunan daerah, serta bantuan dalam penanganan bencana menjadi bagian dari pelaksanaan tugas yang dilakukan bersama pemerintah daerah dan instansi terkait.

Hingga kini, Kodam Iskandar Muda berkedudukan sebagai komando kewilayahan TNI Angkatan Darat di Provinsi Aceh. Perjalanannya mencerminkan perubahan organisasi militer Indonesia sejak masa revolusi, kebijakan reorganisasi pada era Orde Baru, hingga penataan kembali setelah Reformasi. Hari lahir yang diperingati setiap 22 Desember mengingatkan pada pembentukan KDMA pada 1956, sedangkan 5 Februari menandai pengaktifan kembali Kodam Iskandar Muda pada 2002. Kedua tanggal tersebut mencerminkan tahapan berbeda dalam sejarah panjang organisasi militer di Aceh.